2018年，张先生以专利入股的方式，对高新技术企业甲公司进行投资，并成为该企业的股东。投资完成后，由于对税收政策了解不够，张先生未前往税务机关进行备案，甲公司也未代扣代缴其个人所得税。2020年，甲公司主管税务机关作出税务处理决定，认为张先生以专利入股，构成非货币性资产出资，应当缴纳个人所得税。由于该企业未实际代扣代缴，张先生也未自行申报，主管税务机关依法作出决定，向张先生追缴个人所得税，并对甲公司处以罚款。补税、罚款金额合计达数百万元。
《财政部 国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税政策的通知》(财税[2015]41号，以下称41号文)规定：纳税人一次性缴税有困难的，可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后，自发生上述应税行为之日起不超过5个公历年度内(含)分期缴纳个人所得税。本文主要讨论一个问题：在税务机关要求作出补税的时候距离投资入股之日起还未超过5个公历年度，股东张先生可否申请在剩余的3个公历年度内分期缴纳个人所得税?
对这一问题有两种观点：一种认为不能享受，过了期限属于纳税人放弃自己可以享受的权利;另外一种观点认为，程序瑕疵不影响实体权利，纳税人仍然可以可以享受。
本文持后一种观点，理由如下：
一、没有任何文件规定逾期备案的纳税人不可以享受分期缴税政策。按照存疑有利于纳税人原则，逾期备案的程序瑕疵不影响纳税人分期缴税的实体权利。
二、相反有文件规定，纳税人因为逾期备案的程序瑕疵，只适用程序法上的罚责。《国家税务总局关于个人非货币性资产投资有关个人所得税征管问题的公告》(国家税务总局公告2015年第20号，以下称20号公告)规定：纳税人和被投资企业未按规定备案、缴税和报送资料的，按照《中华人民共和国税收征收管理法》及有关规定处理。未按规定备案，只能对应《征管法》第六十二条未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的情形，其法律责任是由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款;情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。由此可见，未按规定备案，最多只能依据上述规定处以罚款。
三、从举重以明轻的当然解释看。20号公告第八条规定：2015年4月1日之前发生的非货币性资产投资，期限未超过5年，尚未进行税收处理且需要分期缴纳个人所得税的，纳税人应于本公告下发之日起30日内向主管税务机关办理分期缴税备案手续。假定一笔非货币性资产投资发生在2014年2月，当时根本没有分期缴税的政策，所以纳税人应该在2014年3月份的15天内申报缴税。如果纳税人在2015年4月仍然没有缴税，违反的是是否依法纳税这种实体上的义务。而20号公告针对违反这种实体义务的行为仍然给予补充备案的机会。举重以明轻，对仅仅是违反备案期限(程序义务)的行为，20号公告没有理由不给予补充备案的机会。
四、从文件规定的历史沿革看。目前没有文件规定逾期备案会影响实体权利，但历史上的《税收减免管理办法(试行)》[全文废止](国税发[2005]129号发布，以下称129号文)第五条规定曾规定：…纳税人享受备案类减免税，应提请备案，经税务机关登记备案后，自登记备案之日起执行。纳税人未按规定备案的，一律不得减免税。但该文件被《税收减免管理办法》(国家税务总局公告2015年第43号发布，以下称43号公告)全文废止，仅仅因为备案瑕疵而影响实体权利的规定从此扫进了历史的垃圾堆。
而且43公告第六条还进一步规定，纳税人依法可以享受减免税待遇，但是未享受而多缴税款的，纳税人可以在税收征管法规定的期限内申请减免税，要求退还多缴的税款。应享未享的情形当然也包括因为没有备案而未享受，这种情况下，纳税人还可以申请退还多缴税款。
后来43号公告又被2017年12月29日发布的《国家税务总局关于公布失效废止的税务部门规章和税收规范性文件目录的决定》(国家税务总局令第42号，以下称42号令)全文废止，废止的理由是：根据国务院办公厅关于做好放管服改革涉及的部门规章、规范性文件清理工作的有关要求，国家税务总局对现行有效的税务部门规章和税收规范性文件进行了清理。因为当时的43号公告规定：减免税分为核准类减免税和备案类减免税。核准类减免税是指法律、法规规定应由税务机关核准的减免税项目;备案类减免税是指不需要税务机关核准的减免税项目。即所有不需要核准的减免税项目都需要备案。这种减免税核准和备案的要求不符合国家放管服的改革要求，因此被全文废止。这个论断在《国家税务总局关于进一步深化税务系统放管服改革优化税收环境的若干意见》(税总发[2017]101号)中可以得到印证：改进各税种优惠备案方式，基本实现税收优惠资料由报送税务机关改为纳税人留存备查，减轻纳税人备案负担。
综上，最开始129号文规定不备案不能享受减免税，但后来43号公告废止了这个规定，还明确规定应享未享优惠政策的，还能申请退税。最后，42号令将减免税最启码要求备案的规定也废止了。简政放权的立法精神和改革路径最是清晰不过啦。可以预见，个人所得税的减免税方式也会向企业所得税一样，在不远的将来全部改为留存备查。虽然没有明确规定逾期备案是否影响实体权利，但如果要善意地理解和执行法律，本文的问题的答案确实是显而易见的。
附带说一下，案例中被投资企业是否存在代扣代缴个人所得税的义务依然是个值得讨论的问题。谨慎考虑，被投企业理应及时取得投资者分期缴税备案的证据。
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