2007年12月26日《国务院关于经济特区和上海浦东新区新设立高新技术企业实行过渡性税收优惠的通知》（国发[2007]40号）规定：对经济特区和上海浦东新区内在2008年1月1日（含）之后完成登记注册的国家需要重点扶持的高新技术企业（以下简称新设高新技术企业），在经济特区和上海浦东新区内取得的所得，自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年按照25%的法定税率减半征收企业所得税。所以在深圳经济特区内2008年1月1日（含）之后完成登记注册的经认定的国家高新技术企业可以享受“两免三减半”的企业所得税优惠政策。
特别提醒亲们关注以下问题
1、该优惠政策是国务院发布的“过渡性税收优惠”，至今为止国务院并没有发布相关新的文件废止该优惠政策，所以至今该“过渡性税收优惠”仍然有效继续执行。
2、国家需要重点扶持的高新技术企业是指在《国家重点支持的高新技术领域》内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动，在中国境内（不包括港、澳、台地区）注册的，并按照科技部财政部国家税务总局关于修订印发《高新技术企业认定管理办法》的通知（国科发火〔2016〕32号）及科技部财政部国家税务总局关于修订印发《高新技术企业认定管理工作指引》的通知（国科发火〔2016〕195号）认定的高新技术企业。
3、根据国发[2007]40号文的规定：该“两免三减半”政策不适合所有新办高新技术企业，仅限于该文件规定地区内的高新企业。针对“深圳经济特区内”特别注意2010年5月18日《国务院关于扩大深圳经济特区范围的批复》（国函[2010]45号）第四条的规定：按照有关规定，深圳市宝安、龙岗两区新设立高新技术企业不享受《国务院关于经济特区和上海浦东新区新设立高新技术企业实行过渡性税收优惠的通知》（国发[2007]40号）规定的过渡性税收优惠政策。也就是说只有深圳“原二线关内”2008年1月1日后登记注册的经认定的国家高新技术企业才可享受该优惠政策，而宝安区、龙岗区、光明新区、龙华新区、坪山新区及大鹏新区等2008年1月1日后登记注册的经认定的国家高新技术企业则不能享受该优惠政策。
4、享受该优惠政策应该按《国家税务总局关于发布的公告》（国家税务总局公告2015年第76号）及《深圳市国家税务局深圳市地方税务局关于企业所得税优惠政策事项办理的通告》（2016年第5号）的规定办理税收优惠备案，具体备案资料、享受优惠时间、备案方式及主要留存备查资料参加附件政策；
5、注意是从自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起享受“两免三减半”企业所得税优惠政策，且是按25%的法定税率减半征收企业所得税，例如a公司2012年注册成立，2014年取得第一笔生产经营收入，但是2016年才被认定为国家高新技术企业，这样a公司2014年及2015年“两免”的企业所得税优惠政策就没法享受了，只能享受从2016—2018年“三减半”的企业所得税优惠政策，也就是这三年可以按12.5%税率减半征收企业所得税，与国家高新技术企业可享受15%的企业所得税优惠也就相差2.5%。
附件：政策链接
国务院关于同意撤销深圳经济特区管理线的批复
国函〔2018〕3号 2018-1-6
广东省人民政府：
你省《关于撤销深圳经济特区管理线的请示》（粤府〔2017〕88号）收悉。现批复如下：
一、为促进深圳经济特区一体化发展，结合特区建设发展面临的新形势新使命新任务，同意撤销深圳经济特区管理线。
二、你省和深圳市要认真做好经济特区管理线撤销相关工作，并以此为契机，实施深圳全市域统一的城乡规划建设管理，进一步优化城市功能布局，完善交通基础设施，推进节约集约用地，强化环境保护和生态建设，有序提升公共产品和服务供给水平，实现更高质量的城市化，为新时期超大城市规划建设管理运营积累经验、当好示范。
三、深圳经济特区管理线撤销后，要进一步加强粤港边界一线管控，强化基础设施建设，确保粤港边界持续稳定。
四、国务院有关部门要按照职责分工，支持广东省和深圳市做好撤销深圳经济特区管理线相关工作。
国务院
2018年1月6日
国务院关于经济特区和上海浦东新区新设立高新技术企业实行过渡性税收优惠的通知
国发〔2007〕40号 2007-12-26
各省、自治区、直辖市人民政府，国务院各部委、各直属机构：
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十七条的有关规定，国务院决定对法律设置的发展对外经济合作和技术交流的特定地区内，以及国务院已规定执行上述地区特殊政策的地区内新设立的国家需要重点扶持的高新技术企业，实行过渡性税收优惠。现就有关问题通知如下：
一、法律设置的发展对外经济合作和技术交流的特定地区，是指深圳、珠海、汕头、厦门和海南经济特区；国务院已规定执行上述地区特殊政策的地区，是指上海浦东新区。
二、对经济特区和上海浦东新区内在2008年1月1日（含）之后完成登记注册的国家需要重点扶持的高新技术企业（以下简称新设高新技术企业），在经济特区和上海浦东新区内取得的所得，自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年按照25%的法定税率减半征收企业所得税。
国家需要重点扶持的高新技术企业，是指拥有核心自主知识产权，同时符合《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第九十三条规定的条件，并按照《高新技术企业认定管理办法》认定的高新技术企业。
三、经济特区和上海浦东新区内新设高新技术企业同时在经济特区和上海浦东新区以外的地区从事生产经营的，应当单独计算其在经济特区和上海浦东新区内取得的所得，并合理分摊企业的期间费用；没有单独计算的，不得享受企业所得税优惠。
四、经济特区和上海浦东新区内新设高新技术企业在按照本通知的规定享受过渡性税收优惠期间，由于复审或抽查不合格而不再具有高新技术企业资格的，从其不再具有高新技术企业资格年度起，停止享受过渡性税收优惠；以后再次被认定为高新技术企业的，不得继续享受或者重新享受过渡性税收优惠。
五、本通知自2008年1月1日起执行。
国务院
二○○七年十二月二十六日
国务院关于扩大深圳经济特区范围的批复
国函[2010]45号 2010-5-18
广东省人民政府：
你省《关于延伸深圳经济特区范围的请示》（粤府〔2009〕114号）收悉。现批复如下：
一、为进一步提高深圳经济特区改革创新和科学发展能力，扎实推进深圳市综合配套改革试验，尽快解决特区内外发展不平衡、特区发展空间局限和“一市两法”等问题，同意将深圳经济特区范围扩大到深圳全市，将宝安、龙岗两区纳入特区范围。
二、你省和深圳市要做好特区范围扩大后的统筹规划工作，要按照走集约化、内涵式发展道路的要求，进一步做好特区城市管理、产业布局、土地利用和城市规划等工作，加强环境保护和生态建设，推动深港合作和珠三角地区一体化发展，更好地发挥深圳经济特区在新时期对全国深化改革开放、促进经济发展方式转变、构建社会主义和谐社会的示范和带动作用。
三、经济特区范围扩大到深圳全市后，暂时保留现有的特区管理线，不再新设。今后视发展需要，由你省商有关部门提出特区管理线处理办法，按程序报批。按照有关规定，深圳市宝安、龙岗两区新设立高新技术企业不享受《国务院关于经济特区和上海浦东新区新设立高新技术企业实行过渡性税收优惠的通知》（国发[2007]40号）规定的过渡性税收优惠政策。
四、国务院有关部门要按照职责分工，积极支持深圳市做好扩大经济特区范围工作。发展改革委要会同有关部门加强对扩大经济特区范围工作的协调指导和督促检查，对工作中出现的新情况新问题，要及时统筹研究，提出相应对策。
五、深圳市扩大经济特区范围，从2010年7月1日起实施。在此之前，各有关方面要抓紧做好各项准备工作。
深圳市国家税务局深圳市地方税务局关于企业所得税优惠政策事项办理的通告
2016年第5号 2016-03-28
为优化纳税服务，保障纳税人合法权益，有效落实企业所得税优惠政策，根据《国家税务总局关于发布的公告》（国家税务总局公告2015年第76号，以下简称76号公告）的规定，现将企业所得税优惠事项办理的有关内容通告如下：
一、企业所得税优惠事项是指企业所得税法规定的优惠事项，以及税法授权国务院和民族自治地方制定的优惠事项。
二、凡享受企业所得税优惠的企业，应严格按照76号公告的规定办理备案，相关备案资料及留存备查资料详见《深圳市企业所得税优惠事项备案管理目录》（2015年版，以下简称《目录》，见附件1）。
三、《目录》是对76号公告发布的《企业所得税优惠事项备案管理目录》（2015年版）的简化，删除了其中10项非深圳市企业可享受的区域性优惠和专项优惠事项，并对部分优惠事项的留存备查资料进行了细化。
《目录》共计企业所得税优惠事项45项，其中，不履行备案手续的事项3项、仅需报送《企业所得税优惠事项备案表》（以下简称《备案表》，见附件2）的事项19项、除《备案表》外还需报送其他备案资料的事项23项。
深圳市国家税务局、深圳市地方税务局将依据国家税务总局文件适时更新《目录》。
四、企业所得税优惠事项备案办理方式包括到税务机关办理和网上办理。其中，除《备案表》外还需报送其他备案资料的23项优惠事项，企业应到税务机关办税服务厅办理备案；其他仅需报送《备案表》的19项优惠事项，企业可选择到税务机关办税服务厅办理备案，也可选择在网上办理备案。具体按《目录》优惠事项“备案方式”中列示的内容执行。
五、企业所得税优惠事项备案流程为即时办结。其中，到税务机关办理备案的，企业应真实、完整填报《备案表》，对需要附送相关纸质备案资料的，应一并报送，税务机关受理后即时出具受理通知书；对于网上办理备案的，企业在网上真实、完整填报《备案表》后即完成备案，并可自行在网上打印受理通知书。
六、企业应当不迟于备案事项所属年度汇算清缴纳税申报时办理备案。其中，企业享受定期减免税，在享受优惠起始年度备案，在减免税起止时间内，企业享受优惠政策条件无变化的，不再履行备案手续；企业享受其他优惠事项，应当每年履行备案手续。
定期减免税事项，按照《目录》优惠事项“政策概述”中列示的“定期减免税”执行。
七、企业所得税优惠事项分为“预缴享受，年度备案”事项和“汇缴享受”事项，其中属于“预缴享受，年度备案”的优惠事项，企业在季度预缴申报时可以享受；属于“汇缴享受”的优惠事项，企业季度预缴申报时不得享受，应在年度汇算清缴时享受。
“预缴享受，年度备案”事项和“汇缴享受”事项，按照《目录》优惠事项“预缴期是否享受优惠”中列示的内容执行。
八、跨地区经营汇总纳税分支机构享受所得减免、研发费用加计扣除、安置残疾人员、促进就业、深圳前海地区的鼓励类产业企业优惠，以及购置环境保护、节能节水、安全生产等专用设备投资抵免税额优惠，由二级分支机构向其税务机关备案，备案办理参照本通告第二条至第六条的规定执行；其他优惠事项由总机构统一备案。
九、跨地区经营汇总纳税总机构应当汇总所属二级分支机构已备案优惠事项，填写《汇总纳税企业分支机构已备案优惠事项清单》（见附件3），到主管税务机关报送或通过网上进行报送。
十、本通告规定适用于2015年及以后年度企业所得税优惠政策事项办理，此前规定与本文规定不一致的，按本文规定执行。
特此通告。
附件：1.《深圳市企业所得税优惠事项备案管理目录（2015年版）》（略）
2.《企业所得税优惠事项备案表》（略）
3.《汇总纳税企业分支机构已备案优惠事项清单》（略）
深圳市国家税务局
深圳市地方税务局
2016年3月24日
附件1
深圳市企业所得税优惠事项备案管理目录（2015年版）节选
序号优惠事项名称政策概述主要政策依据备案资料预缴期是否享受优惠备案方式主要留存备查资料23经济特区和上海浦东新区新设立的高新技术企业在区内取得的所得定期减免企业所得税经济特区和上海浦东新区内，在2008年1月1日（含）之后完成登记注册的国家需要重点扶持的高新技术企业，在经济特区和上海浦东新区内取得的所得，自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年按照25%的法定税率减半征收企业所得税。（定期减免税）1.《中华人民共和国企业所得税法》第五十七条第二款；
2.《国务院关于经济特区和上海浦东新区新设立高新技术企业实行过渡性税收优惠的通知》（国发〔2007〕40号）；
3、科技部 财政部 国家税务总局关于修订印发《高新技术企业认定管理办法》的通知（国科发火〔2016〕32号）
4科技部 财政部 国家税务总局关于修订印发《高新技术企业认定管理工作指引》的通知（国科发火〔2016〕195号）
5.《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》（国税函〔2009〕203号）。1.企业所得税优惠事项备案表；
2.高新技术企业资格证书。预缴享受年度备案前台受理1.高新技术企业资格证书；
2.高新技术企业认定资料；
3.年度研发费专账管理资料；
4.年度高新技术产品（服务）及对应收入资料；
5.年度高新技术企业研究开发费用及占销售收入比例，以及研发费用辅助账；
6.研发人员花名册；
7.科技人员占企业人员的比例和研发人员占企业人员的比例；
8.新办企业取得第一笔生产经营收入凭证；
9.区内区外所得的核算资料；
10.省税务机关规定的其他资料。
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