增值税采用属地缴纳方式的，由纳税人向其机构所在地主管税务机关申报纳税。大型企业集团根据行业经营特点进行总分架构设置较为常见，全国范围内经营的企业通常跨省设立二级分支机构，同一省各地市设立三级分支机构。其增值税的缴纳，不论各分支机构是否独立核算，一般都应就地申报纳税。为降低总分机构设置的纳税人遵从成本，减缓资金占压等问题，财政部和税务总局出台了一系列相关政策，允许经批准的纳税人在规定业务范围内由总机构汇总其分支机构，向总机构所在地主管税务机关申报缴纳增值税。
一、总分机构汇总申报缴纳增值税概况
(一)原则性规定
《中华人民共和国增值税暂行条例》以及《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)对总分机构汇总申报缴纳增值税在总体上做出了原则性规定：
1.《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条
增值税纳税地点：固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税;经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
2.《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件1《营业税改征增值税试点实施办法》
第四十六条：经财政部和国家税务总局或者其授权的财政和税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
(二)适用范围分类
根据上述法规的原则性规定以及接续的规范性文件规定，总分机构汇总缴纳增值税在汇总范围上可分为两类：
1.须由财政部和税务总局批准，实践中为特定类型跨省经营企业的总分机构汇总纳税;
2.须由财政部和税务总局授权的财政和税务机关，即省(区、市)财政厅(局)、税务局批准，实践中为总分机构在同一省(区、市)范围内经营企业的汇总纳税。
二、增值税汇总申报缴纳增值税分类规定
(一)由财政部和税务总局批准的增值税汇总纳税规定
1.主要文件
《财政部 国家税务总局关于重新印发<总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法>的通知》(财税〔2013〕74号)，结合当时营改增推进情况，对前期发布的《财政部 国家税务总局关于印发<总分支机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法>的通知》(财税〔2012〕84号)(全文废止)的内容进行了更新和调整。
2.适用企业范围及具体文件
目前，经财政部和税务总局批准并适用财税〔2013〕74号文件的主要集中在航空运输企业和铁路运输企业，具体管理办法和汇总纳税总分机构名单等规定见以下文件：
航空运输企业的相关具体文件：
(1)《国家税务总局关于发布<航空运输企业增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2013年第68号)
注：此文件为税务总局制定的具体管理办法。
(2)《财政部 国家税务总局关于部分航空运输企业总分机构增值税计算缴纳问题的通知》(财税〔2013〕86号)
(3)《国家税务总局关于部分航空运输企业总分机构增值税计算缴纳问题的公告》(国家税务总局公告2014年第55号)
(4)《财政部 国家税务总局关于调整铁路和航空运输企业汇总缴纳增值税分支机构名单的通知》(财税〔2015〕87号)
(5)《财政部 国家税务总局关于调整铁路和航空运输企业汇总缴纳增值税分支机构名单的通知》(财税〔2017〕67号)
(6)《财政部 税务总局关于调整铁路和航空运输企业汇总缴纳增值税总分机构名单的通知》(财税〔2019〕1号)
(7)《财政部 税务总局关于航空运输企业汇总缴纳增值税总分机构名单的通知》(财税〔2020〕30号)
铁路运输企业的相关具体文件：
(1)《国家税务总局关于发布<铁路运输企业增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2014年第6号)
注：此文件为税务总局制定的具体管理办法。
(2)《财政部 国家税务总局关于铁路运输企业汇总缴纳增值税的通知》(财税〔2013〕111号)
注：此文件第四条规定，中国铁路总公司及其分支机构不适用《总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》(财税〔2013〕74号)第八条年度清算的规定。
(3)财政部、国家税务总局关于铁路运输企业汇总缴纳增值税的补充通知(财税〔2014〕54号)
(4)《财政部 国家税务总局关于调整铁路和航空运输企业汇总缴纳增值税分支机构名单的通知》(财税〔2015〕87号)
(5)《财政部 国家税务总局关于调整铁路和航空运输企业汇总缴纳增值税分支机构名单的通知》(财税〔2017〕67号)
(6)《财政部 税务总局关于调整铁路和航空运输企业汇总缴纳增值税总分机构名单的通知》(财税〔2019〕1号)
(二)由省(区、市)财政厅(局)、税务局批准的增值税汇总纳税规定
1.主要文件依据
(1)《财政部 国家税务总局关于固定业户总分支机构增值税汇总纳税有关政策的通知》(财税〔2012〕9号)规定：
固定业户的总分支机构不在同一县(市)，但在同一省(区、市)范围内的，经省(区、市)财政厅(局)、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。
(2)财税〔2016〕36号附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条(十二)规定：
属于固定业户的试点纳税人，总分支机构不在同一县(市)，但在同一省(自治区、直辖市、计划单列市)范围内的，经省(自治区、直辖市、计划单列市)财政厅(局)和国家税务局批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。
(3)《关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》(国家税务总局公告2016年第23号)“六、其他纳税事项(一)”：
原以地市一级机构汇总缴纳营业税的金融机构，营改增后继续以地市一级机构汇总缴纳增值税。同一省(自治区、直辖市、计划单列市)范围内的金融机构，经省(自治区、直辖市、计划单列市) 国家税务局和财政厅(局)批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管国税机关申报缴纳增值税。
2.具体文件规定
除金融机构营改增后基本延续原营业税下汇总纳税相关规定外，财政部和税务总局层面未对其他特定类型企业做出同一省(区、市)范围内总分机构增值税汇总的特别规定。同时，各省级财政、税务部门通常根据上位法规制定了本地区有关总分机构增值税汇总纳税办法。由于各地规定办法不尽相同，此处不再一一列举，如需进一步了解具体地区的规定可自行组织人员学习。
三、《总分机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》(财税〔2013〕74号)文件主要内容
(一)适用范围
1.纳税人范围。经财政部和国家税务总局批准的总机构试点纳税人及其分支机构，按照本办法的规定计算缴纳增值税。
2.业务范围。发生《应税服务范围注释》所列业务。总分机构销售货物、提供加工修理修配劳务不适用本办法，按照增值税暂行条例及相关规定就地申报缴纳增值税。
(二)基本规定
总机构汇总计算总机构及其分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的应交增值税，抵减分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务已缴纳的增值税税款(包括预缴和补缴的增值税税款)后，在总机构所在地解缴入库。
分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务当期已预缴的增值税税款，在总机构当期增值税应纳税额中抵减不完的，可以结转下期继续抵减。
(三)日常申报税款计算
1.总机构汇总计算的应交增值税
总机构汇总的应征增值税销售额，为总机构及其分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的应征增值税销售额。
相关计算公式为：
总机构汇总计算的应交增值税
=总机构汇总的销项税额-总机构汇总的进项税额
=总分机构发生《应税服务范围注释》所列业务应征增值税销售额×适用税率-总分机构因发生《应税服务范围注释》所列业务而购进货物或者接受加工修理修配劳务和应税服务所支付或者负担的增值税税额
注：总机构及其分支机构用于发生《应税服务范围注释》所列业务之外的进项税额不得汇总。
2.分支机构应预缴的增值税
分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务，按照应征增值税销售额和预征率计算缴纳增值税。计算公式为：
分支机构应预缴的增值税=分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务应征增值税销售额×预征率
注：预征率由财政部和国家税务总局规定，并适时予以调整。
(四)汇总纳税清算
每年的第一个纳税申报期结束后，对上一年度总分机构汇总纳税情况进行清算。总机构和分支机构年度清算应交增值税，按照各自销售收入占比和总机构汇总的上一年度应交增值税税额计算。
分支机构预缴的增值税超过其年度清算应交增值税的，通过暂停以后纳税申报期预缴增值税的方式予以解决。
分支机构预缴的增值税小于其年度清算应交增值税的，差额部分在以后纳税申报期由分支机构在预缴增值税时一并就地补缴入库。
(五)其他事项
1.总机构及其分支机构的其他增值税涉税事项，按照营业税改征增值税试点政策及其他增值税有关政策执行。
2.总分机构试点纳税人增值税具体管理办法由国家税务总局另行制定。
注：目前，税务总局制定了两个相关的具体管理办法，即前文所提到的《国家税务总局关于发布<航空运输企业增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2013年第68号)和《国家税务总局关于发布<铁路运输企业增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2014年第6号)。
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