编者按：2019年11月25日，国家税务总局深圳市税务局发布了《土地增值税征管工作规程》，其中关于纳税人享受普通标准住宅土地增值税优惠政策的规定引起了笔者注意。本文从一则案例入手，具体分析现行土地增值税对于住宅非住宅实行的分别核算的机制。而目前深圳新发布的规定，预示了一种新的征管趋势，值得读者关注。
一、案例简介
（一）基本案情
2009年7月5日，新联公司对巴楚新联“未来城”一期1-4号商住楼进行开工建设，2009年12月30日竣工。2010年3月15日，新联公司对巴楚新联“未来城”一期5-6号商住楼进行开工建设，2010年11月15日竣工。2013年11月23日，克州鑫华税务师事务所有限责任公司接受委托，对新联公司开发的“新联未来城一期1-6号商住楼”项目截止2013年5月31日土地增值税清算税款申报进行鉴证审核。同日，新联公司向巴楚县税务局进行土地增值税清算申报。新联公司申报了“新联未来城一期1-6号商住楼”项目土地增值税：1-4号商住楼增值率为-16.92%，其中普通住宅增值率0.00%，其他项目增值率-16.92%，应缴土地增值税税额0.00元，已缴土地增值税税额470105.92元，应退土地增值税税额470105.92元；5-6号商住楼增值率为-7.74%，其中普通住宅增值率0.00%，其他项目增值率-7.74%，应缴土地增值税税额0.00元，已缴土地增值税额634062.34元，应退土地增值税税额634062.34元，一期应退土地增值税税额共计1104168.26元。2013年11月24日，巴楚县税务局作出准予退还已预缴的土地增值税1104168.26元，且于2014年6月19日将该笔款项退还给新联公司。
2015年10月9日，巴楚县税务局案件检查发现，“我局第一税务所在2015年10月的日常征管工作自查中，对前期退税资料进行复查，发现巴楚县新联房地产开发有限责任公司2014年6月办理土地增值税退税1104168.26元，未按照税收法律、法规的规定对涉及不同类型的房地产项目分别计算增值额、增值率、缴纳土地增值税，属于计税依据和政策适用错误，责令第一税务所追回已退还的土地增值税，并按照税收法律、法规的规定重新审核该项目土地增值税清算资料。”2016年3月7日，巴楚县税务局对“新联未来城一期”土地增值税清算审核报告指出：“1、普通标准住宅清算审核后增值额为-13783747.40元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元，已预征0元，应退土地增值税0元；2.非普通住宅清算审核后增值额为-308946.71元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元，已预征0元，应退土地增值税0元；3.非住宅清算审核后增值额为8255836.49元，增值率为34%，应缴纳土地增值税2476750.95元，已预征0元，应补土地增值税2476750.95元。”2016年3月15日，巴楚县税务局作出巴地税通[2016]3号《税务事项通知书》对新联公司开发的“新联未来城一期项目”土地增值税清算申报重新审核，认定企业应补征土地增值税2476750.95元。
新联公司对该决定不服，于2017年4月11日申请复议，同年4月14日，喀什地区地方税务局作出行政复议不予受理决定。新联公司不服，诉至法院，要求撤销巴楚县税务局于2016年3月15日作出的巴地税通【2016】3号《税务事项通知书》。
（二）各方观点
新联公司认为，税务机关在清算土地增值税前，首先应当确立清算单位，清算单位是否合法，是税务机关征收土地增值税行政行为是否合法的重要前提。但是根据各项法律法规规定，土地增值税的最小清算单位为“幢”，而巴楚县税务局却违背规定，将土地增值税的清算单位进一步进行细分，进而导致其土地增值税计算错误，其行政行为明显违法。
一、二审法院均认为巴楚县税务局行政行为合法有效，驳回了新联公司的诉请。
二、争议焦点
本案争议焦点主要包括1、土地增值税的清算单位如何确定；2、土地增值税免税待遇是否可以放弃。
三、华税点评
（一）税局按开发项目类别分别计算土增税不受清算单位影响
法律依据土地增值税清算单位的相关内容《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]6号）第八条 土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）十三、 关于既建普通标准住宅又搞其他类型房地产开发的如何计税的问题 对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例 第八条（一）项的免税规定。《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）三、 关于土地增值税的预征和清算问题
各地要进一步完善土地增值税预征办法，根据本地区房地产业增值水平和市场发展情况，区别普通住房、非普通住房和商用房等不同类型，科学合理地确定预征率，并适时调整。工程项目竣工结算后，应及时进行清算，多退少补。《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）一、 土地增值税的清算单位
土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。国家税务总局关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知（国税发[2009]91号）第六条 主管税务机关应加强房地产开发项目的日常税收管理，实施项目管理。主管税务机关应从纳税人取得土地使用权开始，按项目分别建立档案、设置台帐，对纳税人项目立项、规划设计、施工、预售、竣工验收、工程结算、项目清盘等房地产开发全过程情况实行跟踪监控，做到税务管理与纳税人项目开发同步。
第七条 主管税务机关对纳税人项目开发期间的会计核算工作应当积极关注，对纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，应督促纳税人根据清算要求按不同期间和不同项目合理归集有关收入、成本、费用。
上述规定可以看出，土地增值税最小计算单位为一个幢号，但并不影响对一个幢号中不同类型的房屋分别计算增值额，征收土地增值税。现实中大量存在开发商开发的房地产项目仅为一幢楼的情况。上述法律规定就是针对“开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额”，“对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额”做出的。新联公司开发的“新联未来城一期”项目，符合上述法律规定的情形，故巴楚县税务局在清算新联公司“新联未来城一期”项目土地增值税时，对项目中不同类型的房屋分别核算增值额，征收土地增值税的做法符合上述法律规定。
（二）土地增值税必须区分住宅非住宅进行核算，免税待遇并非授权条款
依据《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）第十三条：对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条（一）项的免税规定的规定。对于该规定是否为授权性规定，实务中存在争议。
本案中，法院认为：分别核算增值额的目的，就是为了分别计算土地增值税，通过分别核算增值额达到分别计算土地增值税，进而起到税收杠杆调节的作用，达到引导房地产经营方向，规范房地产市场的交易秩序，合理调节土地增值收益分配，促进房地产开发的健康发展的目的。财税字[1995]48号第十三条的规定，并没有赋予新联公司在分别核算增值额和分别计算土地增值税方面具有选择权，而是进一步对应该分别计算，没有分别核算的纳税人，普通标准住宅不得享受免税的规定，是一种惩罚性条款，而非选择性条款。
为核实司法机关的观点，笔者又核查了裁判文书网中其他类似案例，发现近年的裁判口径均与本案一致，即认为：土地增值税必须区分住宅非住宅进行核算，免税待遇并非授权条款。
值得关注的是海南省关于土地增值税清算的地方性规定的变化：
法律依据相关内容《关于土地增值税有关问题的通知》（琼地税发[2009]104号）第五条废止《海南省地方税务局关于明确商住综合楼土地增值税清算问题的通知》（琼地税函[2008]305号），即取消了纳税人”自行决定”分开清算还是合并清算的选择权。《海南省地方税务局关于土地增值税清算有关问题的通知》（琼地税发[2009]187号）第二条：对同一清算单位的房地产项目中同时包含普通住房和非普通住房的，应该分别计算普通住房和非普通住房的增值额、增值率，征收土地增值税。纳税人在申报土地增值税清算时，未分别计算普通住房和非普通住房增值额、增值率的，税务机关审核时，应分别计算普通住房和非普通住房增值额、增值率，征收土地增值税。普通住房的增值额未超过扣除项目金额百分之二十的，免征土地增值税。
以海南省的规定为例，从中可以得出结论税务机关与司法机关对于土地增值税的分住宅和非住宅分别核算确实是作为强制性的条款来施行的。
（三）新趋势：免税待遇或将作为授权性条款适用
值得关注的是，2019年11月25日，国家税务总局深圳市税务局发布了《土地增值税征管工作规程》，该规程第二十一条规定：“纳税人办理清算申报时，对同一开发项目或同一分期项目中既建有普通标准住宅又建有非普通标准住宅、其他类型房地产的，如纳税人申请享受免征普通标准住宅的土地增值税优惠政策，应分别计算增值额、增值率以及应缴的土地增值税”。该规定可以看出，是否申请免税待遇主动权在纳税人手中，需要享受免税待遇的，应当分别计算增值额、增值率等。此规程中所反映的土地增值税征管新趋势未来如何发展，仍需等待《土地增值税法》及相关条例出台，以作确认。
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